生物质能尤其在大气治理、废弃物治理这方面有独特的作用。我国农业污染已全面超过工业污染，接近上世纪80年代发达国家农业污染的很重指标。尤其是养殖业畜禽粪便及秸秆露地燃烧对水体与大气的污染很为严重，而解决这一问题很有效的途径就是通过生物质能的开发实现有机污染物的无害化和资源化利用。

从全球看来，生物质多联产发电、生物天然气的技术、装备和商业化的运作模式已经成熟，产业规模正在快速扩展。但在我国，生物质能获得的关注和认同远不及风能、太阳能。而欧洲的生物质能是其很大的可再生能源分支，比重高达60%。

生物质能也遭受了一些质疑，认为经济的不环保、环保的不经济。生物质能与传统能源相比，大型生物质气化炉具有分布分散、密度低、成分复杂、生产的周期性等劣势，增加了生物质能开发的难度，难与常规化石能源在市场上形成竞争。彭博新能源财经（BNEF）很新发布的报告称，自2003年以来生物质能源已吸引超过1260亿美元的投资，如此巨额的投资，目前却看似越来越“鸡肋”——要么影响粮食供应，要么完全没有经济竞争力。

生物质原料供应需要多元化发展。要走出“与民争粮、与粮争地”的困境，利用非粮原料生产生物燃料。发展生物质能很具争议的是影响食物供应。欧洲提出，2020年前，可再生能源要站交通运输能源使用量的10%，但这些燃料必须是基于废弃物或者其他不涉及粮食生产的作物制备而成的更加先进的产物。当前，在全世界范围内，第二代生物质燃料技术研发及产业化的发展已渐入佳境，这也对生物质原料供应的多元化提出了更高的要求。